تتحدث هذه المقالة عن الجراثيم بمعنى محدد و هو البكتيريا ، إذا أردت الاطلاع على استخدام الجراثيم بشكل عام انظر جراثيمالجراثيم أو
البكتيريا (Bacteria وباليونانية القديمة : bakterion عصيات) (تفرد احيانا على
جرثوم أو
جرثومة لكنها غالبا ما تستخدم بصيغة الجمع . )
كائنات حية دقيقة وحيدة الخلية منها
المكورات و
العصيات وهي تتجمع مع بعضها وتأخذ أشكالاً متعددة مثل عقد أو سبّحة فتسمى مكورات عقدية أو على شكل عنقود فتسمى
مكورات عنقودية. أبعاد البكتريا تتاروح بين 0.5-5 ميكرومتر مع أن التنوع الواسع للبكتريا يمكن أن يظهر تعدد أشكال كبير جدا . تدرس البكتريا أو الجراثيم في ما يدعى
علم الجراثيم او الباكتريولوجيا ، الذي يعتبر فرعا من فروع
علم الأحياء الدقيقة أو
علم الميكروبيولوجيا .
مساكن و بيئات البكتريا متنوعة جدا فهي قادرة على العيش في أي
مسكن أو بيئة مناسبة على وجه الأرض و حتى التربة و المياه العميقة و قشرة الأرض حتى ضمن بيئات ذات نسب عالية بالفضلات النووية و الكبريتية الحمضية. عادة يوجد حوالي عشرة مليار خلية جرثومية في الغرام الواحد من التربة ، و مئات الآلاف من الخلايا في ملمتر مكعب من ماء البحر . ضمن دورات البيئة تلعب البكتريا دورا أساسيا و حيويا في تدوير المغذيات البيئية ، فالعديد من الخطوات المهمة في
دورة التغذية nutrient cycle تتم بوساطة البكتريا ، أهم هذه الخطوات تثبيت النتروجين من الغلاف الجوي .
البكتريا أيضا تعتبر مكونات طبيعية من مكونات جسمنا البشري فهناك من الخلايا البكترية على أجسامنا ما يفوق عدد خلايانا نفسها ، فعليا مجمل الجلد عند الإنسان و الفم و الطريق الهضمي مليء بالجراثيم و هي بمقدار ما يشاع عن ضررها و تسببها بالأمراض ، مفيدة أيضا لصحتنا حيث تساعد على الهضم ضمن الطرق الهضمي ، لكنها أيضا تسبب أمراضا خطيرة مثل
الكوليرا و
السل .تاريخيا تسببت البكتريا بأمراض منقرضة خطيرة مثل
الطاعون و leprosy لكن اكتشاف
المصادات الحيوية قلص كثيرا من خطورة الأمراض الجرثومية و خفف الوفيات بها . للبكتريا أهمية صناعية حيث يستفاد من عملياتها البيولوجية لإجراء ما هو صعب إجراءه صناعيا ، مثل
معالجة المياه الوسخة و مؤخرا إنتاج
المصادات الحيوية و غيرها من اليكيميائيات . هناك خلاف ضمن في استخدام المصطلح العربي بين من يستخدم كلمة جراثيم بشكل واسع كمقابل ل Germ و تبقى البكتريا مقابل ل Bacteria لكن البعض الآخر يستخدم مصطلح جراثيم كمقابل لكلمة Bacteria أيضا . في المصطلحات الغربية : مصطلح "بكتريا" استخدم تاريخيا لكل بدائيات النوى أحادية الخلية المجهرية ، و مع ان هذا ما زال شائعا في الحياة اليومية إلا أن تطور علم الحياء الدقيقة كشف عن تفصيلات تفرق بشكل واضح بين الفيروسات و البكتريا و الفطريات . و بشكل أكبر بين منحيين في التطور ضمن البكتريا نفسها أنتجا صنفين (انظر
نظام ثلاثي النطاقات three-domain system ) :
جراثيم حقيقية أو بكتيريا حقيقية Eubacteria و
عواتق اي جراثيم قديمة Archaebacteria . حاليا يطلق عليهم اسم
بكتريا التي نتحدث عنها هنا و
أرخيا Archaea